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 * 文章主題： [討論]台灣深山鍬形蟲 本文章有問題，傳送短訊息報告給版主  加到我的最愛&關注本文章  顯示可列印的版本  把本文章打包郵寄  把本文章加到我的最愛  傳送本頁面給朋友   
 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2011/01/05 06:06pm 第 2 次編輯]&k.
這一篇文章po在這其實是我不知道要po在哪比較好 在台灣鍬形蟲的圖鑑裡面KIB2 n
遇到有台灣深山的時候  通常都會說：zql
台灣深山有分成北部型、中部型以及南部型三種:kj
最近在論壇上面看到  有人也覺得有東部型)~AK8
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 =
所以難免會讓人想知道61rp^
它們這樣的變化是一定的嗎(這個需要量很多標本)a"k
或是  這些型態上又差別的族群是不是也已經在遺傳上有差異C#
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 uQRf
很多的書都寫著  這樣的關係值得深入去探討L4
但是目前為止還沒找到相關的paper有對台灣深山的討論+cr<
因此  最近收到一些標本的我  就先把手頭上有的個體分析:
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 @y
我所用的方法  是以分子層次的變化來比較各族群之間的關係vQ`
用這個方法得到資料比較快  而且我也比較熟悉42\
(用養的要花很久的時間、很多的空間，對我來說比較困難)>((
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 M"Y?
以下是我有的個體分佈圖d6<
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 U6i
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CgXjR@
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 (JSg.H
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 H,0
(圖片是用許老師2000年paper中的台灣圖修改)/6M;/M
最北邊紅色的部分為北縣三峽以及烏來8&?'H
下方紅色為北橫巴嶺及拉拉山WFYu
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 `
中部藍色為溪頭及杉林溪=Pu
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ==\oER
南部綠色為阿里山  及東部的利佳林道和南橫栗園eR(+.z
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 "y[l\
東部灰色是瑞穗林道w{6P
(論壇如果不能公布地點，請告訴我，我會把這一段d掉)"?]
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ;
一樣的顏色是之前我比較常看到大家所說的各個型分佈位置Ny
有一點與現今台灣政治顏色相同  所以這樣標-~
如果看了不舒服  非常抱歉\}WZ
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 [ke
一開始我所選擇的Gene Region有mt CO1 region及mt16SrDNA^xSO,
(NCBI上面這兩段基因序列使用分享最多)zT=
後來知道現在bar coding是用CO1  所以我就用CO1來分析W;Ea:[
CO1在粒線體的位置如下:WZ
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 2q{
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 "'n5BL
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 [2/(a
我所使用的primer pair是simon(1994)的insect universal primersNKeb
Foreward : C1-J-1751 及 Reverse: TL-N-3014.UDf4
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 SQ{
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 %b[z
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 '"
PCR之後 切膠純化  然後作TA cloning.<8
總共的長度是1302個basepairsu#B
(因為是universal primer pair，他不是很專一，直接定序不好看。而且51j?
1302個basepairs必須要再設計一組internal primersIs:*R
才能得到完整漂亮的序列，乾脆用clone比較方便 )t})0I2
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 +gdb
選了Lucanus hermani及Lucanus laetus當外群qpD>
(期中Lucanus hermani與台灣深山長的很像  也許是姊妹群)$5eJ
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 `
用clustalV 作對齊(alignment是這樣翻嗎). $.C
然後用Mega跑Parsimony analysisH
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 owQA:u
以下的圖是24個most parsimony tree的consensus tree\!p`x
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 v&Cw1
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 6
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 -,k&f
(TPss北縣三峽、TPwl北縣烏來、TYbl北橫巴領、TYlls北橫拉拉山+nd}
NTst南投溪頭、NTsls南投杉林溪、CYala嘉義阿里山、TDlc台東利佳林道(X9%I-
TDly南橫栗園、HLjs花蓮瑞穗林道) ~hr>
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 |}j
從CO1的結果來看  台灣深山的各族群遺傳結構{
已經在地理上有很明顯的分化(structured populations)MQTWE
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 d8G
大概分成中北部、中南部及東部三群#(d,}P
其中看的出來方向性  嘉義阿里山最先進來台灣3r<-.
然後分成東部的族群  以及中北部的族群N-
中部南投山區也許是北部及南部族群的重疊地帶E
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 w
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 El!
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 i5_-
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 548<{
以上大概就是初步的結果K
畢竟我每個地方的個體不多  而且點也很少$I:XI.
所以你也可以不相信我的結果m
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 \
無論如何Oku>
這是一個值得繼續作下去的題目-
至於各個地方的大顎為什麼會變化的那麼大bE@aS
我可以找到的相關文獻在這oo
http://web.thu.edu.tw/g942505/www/Population%20density%20drives%20the%20local%20evolution%20of%20a%20threshold%20dimorphism%20JLT%20&%20GSB%20Nature%202004.pdfIAR
台灣深山似乎也有類似allometry的現象)<]v
族群密度比較高的地方大型雄蟲放到大顎的能量比較多M}0%:
族群密度地的地方似乎比較少aH
而這樣的結果在目前的分析看來  似乎有遺傳的差異純在了{1
不過還是一句  我的sample size很小  他依舊可能是型態的可塑性*?
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 {EH@$@
大顎的彎曲程度也是大家在分產地的重點Y>
但是我沒辦法和我的結果連想起來 相關資料也不多(大多是長度&重量)PzU,
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 1
以後還要多收集不同產地的台灣深山{](
以及多去博物館量外部型態特徵MAB?
(想要到交易版徵有確切產地的蟲，可是不敢 呵呵)u9M
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 O`
感謝很多送我標本的人xO.<<
裡面只有溪頭一隻是我自己抓的?DN{N
其他的夢蟲無我老闆提供很多  0i<]cZ
嘉義大學的同學去年送我兩隻阿里山的個體等等x
非常感謝$^
外群是跟zozo買來的乾標本6&]u
(PS.只要是沒有發黴過或被蟲子吃過的乾標本，我都可以抽出DNA  得意中)P61:p
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ygcK
好了  在論壇潛水很久  好像做了一點事  哈哈p/u
希望畢業前這個alternative作的完  "或是有人接"(變向的招收學生)B`S\OM



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發表文章時間2006/10/08 03:25:55pm　IP: 已設定保密[本文共 4042 位元組]　 
 kefarm 




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  好文值得大力推Og
請問是否有鍬形蟲體型相關基因被cloned 或identifiedt\V
mt CO1 和體型的相關性???/量的關係存在嗎???SH|(7



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發表文章時間2006/10/16 10:41:36am　IP: 已設定保密[本文共 141 位元組]　 
 thegame0930 

 

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  鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identified>v'
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧g5G6t
是一段較不會變異的DNALpc
常常用來鑑定種源關係Ub^2
跟體型沒啥關係(有錯請指正)YQ%
樓主真是厲害...學以致用[



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發表文章時間2006/10/16 10:04:43pm　IP: 已設定保密[本文共 216 位元組]　 
 kefarm 




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下面引用由thegame0930在 2006/10/16 10:04pm 發表的內容：OZV=0"
鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identifiedy
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧!41>
是一段較不會變異的DNAn
常常用來鑑定種源關係`
...©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 gNVjG

H%oD
粒線體DNA和應該體形基因無關nr
我只是想說拿鍬形虫當材料@@i]Y
比果蠅辛苦多多0
也許昆蟲體形基因在果蠅研究已被証實i\M<.
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 jiv
好久沒在這領域oA<B"`
生疏了~I
若有不當+~
請多擔待Bq6nd5
謝謝!!NVd=zZ



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發表文章時間2006/10/17 08:09:49am　IP: 已設定保密[本文共 437 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  粒線體DNA與體型應該是沒有關係的,6jl
畢竟它不是核DNAdn].u
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Axm
它在細胞裡面是用來產生能量hm,5
基本上會選這一段來做是因為它比較好做<
而且  (雖然我還沒跑過檢測)  它應該比較中性W
用來做親源地理的分析比較方便{
等資料完整之後可以回推分枝點的時間v~w+Ty
方便與一些地質事件做結合討論|U-
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 #hjBl|
所以討論親源關係大多會選擇做這些homology的treeza}Yf
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 NX6-
當然也可以選做homoplasy的treeS|
選發育大顎的geneQ07hDx
這樣會比較類似討論大顎工能的演化%36D5
親源比較遠的系群可能會因為有類似的選擇壓力t
使得它們這一段gene相似度較高G
以上要做也是可以的U
只是比較難+;nv)~
(個人覺的核DNA要比粒線體DNA要難PCR  而且primer序列應該只有果蠅的)t(ZUMe
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 7cRuXV
至於鍬形蟲體型相關的gene  現在應該還沒有identify出來?CVFq
這個要做其實也不難  只要有錢r
先做完library  再用micro array看長大顎的時後表現那一些gene就行=.U
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 e8
但知道了是那一個gene之後  其實也沒什麼用xM
很多人想的到over expression就會比較大隻KTIuO
或是做knock in "beetle"`evC
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 XEf
我只能說老鼠都以經被人類做很久了WyWk
knock out的買來還是貴的要死=B4Rn
這部份現在要發展在甲蟲  不會有人想支持及花錢的Kd
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 7dl
不知道有沒有離題 +



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發表文章時間2006/10/17 10:38:18pm　IP: 已設定保密[本文共 1082 位元組]　 
 formosanus 
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  對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒A]_"
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 3uN}z
相信要做這些出來 您應該花了不少心力A]m~
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Y1)$Wr
成果也是有目共睹的勒0==
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 t\U
自己雖然不是做系統發生的  )q:"
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 wI9
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的+J
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 a;l&
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒*9\o
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 qm-h=
1.總共跑了幾棵樹阿?x{N?"
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 L.fm
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群$@Jk*
 8
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?Vjt
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Yge
3.對於利用大顎彎曲程度來區分地區型 是不是屬於一個synapomorphicO)K[V@
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 =4K
門外漢的我想說  如果利用收集更多該地區的樣品wJ>!
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 *s;z
以morphometric方式  將各種特徵做Parsimony analysis後. Yp7:
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ^
再與CO1 tree進行交叉分析 是不是就可以得到結果阿?I7|
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ~
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 &$Snhx



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發表文章時間2006/10/19 08:44:00pm　IP: 已設定保密[本文共 603 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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下面引用由formosanus在 2006/10/19 08:44pm 發表的內容：kyN'I
對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒C"1H?
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 8a(zkQ
相信要做這些出來 您應該花了不少心力FRE
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 YoZ^S{
成果也是有目共睹的勒E3kom
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 waV8h#
自己雖然不是做系統發生的  d
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 MV2T
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的^J
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 +]"qj7
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒7G@
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1.總共跑了幾棵樹阿?ImU
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 )CW)
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群WS
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?_>dh<
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 )O8
3.對於利用大顎彎曲ZE

G+zJq
Maximum parsimony tree共有24條2
我放的這一棵tree是這24條的consensus treeW$
那  我沒有放distance的tree(像NJ之類的),:_\
Baysian跟Maximun likelihood也許等data多一點再一起做{`NQf"
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 }
中部的族群的確很有趣U
不過還必需要累積更多一點來自中部不同地方的個體iC!Z&
這題目是當然很好玩  值得做下去的V
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 pHX
至於型態  對我來說最大的問題9TN
應該是如何去加權(coding是這樣翻譯吧)Q
這方面我比較不熟  不過這是可以拿來分析9S
而且會讓結果更完整的方法wi0'^b
總之  一切都還在摸索  謝謝你的建議7FO]eb
我也希望可以試試看'-8;



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發表文章時間2006/10/21 10:51:29pm　IP: 已設定保密[本文共 996 位元組]　 
 chengtw 
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  就學術的角度來看是相當不錯G^
所得到的結果可否能有實務上的應用~(a:k
不是說學術領域的探討不重要/
畢竟現在的社會就是這樣us9x
研究結果能夠有效的應用Lv
政府才有可能投入更多的經費Twf$
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 n^w&v
以前唸書的時候Q
希望可以把鰻魚的抗凍基因應用在香魚身上d7AeZ
但是要做的事情實在太多w
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 wJ'
希望有更多的人投入這類的研究.l7



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發表文章時間2006/11/21 11:45:20am　IP: 已設定保密[本文共 318 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  務實的應用可能比較難，因為我當時想的都是對氣候變遷，4Tm$<a
或是環境及地理變化對對生物遺傳結構的影響。不過您說的n?=(9
也是很重要的一環，這也是我們對害蟲防治會投入比較多的<
資金和注意，他和我們生活息息相關。$ZRG`_
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 CY<`e
而我這一方向的研究，其實也很有應用的價值，可以重過去~Ek
的氣候變化，還有現金的遺傳結構來看氣候環境變遷對物種h!C=
的影響。另一方面，演化學的理論和研究也應用很多在流行Hzk
病學。所以雖然和生活及經濟活動沒有直接的關係，但其實PUm
此研究對整個社會的影響還是有的。c^%D&
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 d-k
隔了四年才發現有問題沒有回覆，真是抱歉！jW}y&P



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發表文章時間2010/12/20 02:45:59am　IP: 已設定保密[本文共 528 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2010/12/19 06:11pm 第 2 次編輯]D#O
這一個研究今年終於刊登出來了！b^1uC
一直都因為研究裡面有的個體太少，所以寫討論和結果比較難。18<
不過至少結果是很好玩的，所以期刊相信有興趣的人還是很多。|6B
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 g!\^
題目是：B}|
Diversification in subtropical mountains: phylogeography, Pleistocene demographic expansion, and evolution of polyphenic mandibles in Taiwanese stag beetle, Lucanus formosanus.r:
刊登在： Molecular Phylogenetics and Evolution, 57, 1149-1161*=1be
連結在：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20971199.kS86T
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 [<0;
內容主要有（一）更新世後期的氣候變化，可能與台灣深山有一個粒線體支系當時族群量大量擴張有關係（全台廣布的支系），而另外一個分布比較侷限的支系（阿里山支系）就沒有這一個現象。f
（二）另外就是主要山脈的族群之間有很顯著的過去基因交流，這個基因交流很少可以越過中央山脈，但是可以繞著中央山脈使各個族群之間的遺傳結構連接在一起。zfKU
（三）各個山脈之間有顯著的”型態分化”，其中又以東部和中央山脈西部的族群可以看大顎的型態就區分開來。這些應該大家之前都知道了，但是這一篇文章有數據。:2_?wu
（四）最後一部分就是族群間型態的差異和分子差異是”沒有”相關性的，型態和分子的差異都是地理分隔距離造成的結果，住的越近的人長得越像彼此之間的親緣關係也比較接近，但是親源關係不會決定台灣深山長的樣子。h^%E*N



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發表文章時間2010/12/20 03:00:07am　IP: 已設定保密[本文共 1257 位元組]　 

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快速回覆主題: [討論]台灣深山鍬形蟲
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