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 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2011/01/05 06:06pm 第 2 次編輯]^\
這一篇文章po在這其實是我不知道要po在哪比較好 在台灣鍬形蟲的圖鑑裡面smD_T
遇到有台灣深山的時候  通常都會說：VNY
台灣深山有分成北部型、中部型以及南部型三種k1|
最近在論壇上面看到  有人也覺得有東部型{bh
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 <J~,
所以難免會讓人想知道lA"q
它們這樣的變化是一定的嗎(這個需要量很多標本)4;Q-r
或是  這些型態上又差別的族群是不是也已經在遺傳上有差異zA
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 FBBi
很多的書都寫著  這樣的關係值得深入去探討$HM
但是目前為止還沒找到相關的paper有對台灣深山的討論{@CUH4
因此  最近收到一些標本的我  就先把手頭上有的個體分析zaC
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 hj
我所用的方法  是以分子層次的變化來比較各族群之間的關係\DBR*
用這個方法得到資料比較快  而且我也比較熟悉"L=
(用養的要花很久的時間、很多的空間，對我來說比較困難)"hqK
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 $.)A
以下是我有的個體分佈圖bm=G\
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 x(
此主題相關圖片如下：<.06N
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Z~M=[
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 <
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 +'
(圖片是用許老師2000年paper中的台灣圖修改)`S8h
最北邊紅色的部分為北縣三峽以及烏來Ul?*%
下方紅色為北橫巴嶺及拉拉山~Tw:8"
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 C'lgy
中部藍色為溪頭及杉林溪OcM:6
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 3eyK`
南部綠色為阿里山  及東部的利佳林道和南橫栗園hZ@~?j
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 `Nd`(
東部灰色是瑞穗林道$
(論壇如果不能公布地點，請告訴我，我會把這一段d掉)hG\k^8
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 gaZ{
一樣的顏色是之前我比較常看到大家所說的各個型分佈位置ke
有一點與現今台灣政治顏色相同  所以這樣標|
如果看了不舒服  非常抱歉qfF
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 O0 ^7
一開始我所選擇的Gene Region有mt CO1 region及mt16SrDNAyGF
(NCBI上面這兩段基因序列使用分享最多):([=OA
後來知道現在bar coding是用CO1  所以我就用CO1來分析*Heo01
CO1在粒線體的位置如下:s%NH[
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Cs-+Ld
此主題相關圖片如下：p~S1|1
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%+
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 pa
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 N
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 G7
我所使用的primer pair是simon(1994)的insect universal primers}hy
Foreward : C1-J-1751 及 Reverse: TL-N-3014mf*
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 +
此主題相關圖片如下：CTA\
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9h"
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 :-
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 lXm|:O
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 -qXG
PCR之後 切膠純化  然後作TA cloning.zEz'
總共的長度是1302個basepairsWjS{(c
(因為是universal primer pair，他不是很專一，直接定序不好看。而且1]T
1302個basepairs必須要再設計一組internal primers)J[
才能得到完整漂亮的序列，乾脆用clone比較方便 )0dv
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 {(-(
選了Lucanus hermani及Lucanus laetus當外群%T
(期中Lucanus hermani與台灣深山長的很像  也許是姊妹群)d?Z
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 #eA
用clustalV 作對齊(alignment是這樣翻嗎)zH0
然後用Mega跑Parsimony analysis]l)7l8
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 t_gx
以下的圖是24個most parsimony tree的consensus treeRaU`cG
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ;
此主題相關圖片如下：_z`TV&
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bS*6R
按此查看圖片詳細資料WX:`7
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 \
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 S#{o
(TPss北縣三峽、TPwl北縣烏來、TYbl北橫巴領、TYlls北橫拉拉山Q
NTst南投溪頭、NTsls南投杉林溪、CYala嘉義阿里山、TDlc台東利佳林道"
TDly南橫栗園、HLjs花蓮瑞穗林道),wq_$0
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 \
從CO1的結果來看  台灣深山的各族群遺傳結構)
已經在地理上有很明顯的分化(structured populations)o
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 >&):.#
大概分成中北部、中南部及東部三群;
其中看的出來方向性  嘉義阿里山最先進來台灣S\
然後分成東部的族群  以及中北部的族群'3.5Q
中部南投山區也許是北部及南部族群的重疊地帶e
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 #!f
此主題相關圖片如下：%%
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+jb
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 EDp6h^
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 *z=/?
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 aB4|8h
以上大概就是初步的結果$mT
畢竟我每個地方的個體不多  而且點也很少{D2
所以你也可以不相信我的結果} )
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 i3%j8
無論如何^6 $
這是一個值得繼續作下去的題目*wI]
至於各個地方的大顎為什麼會變化的那麼大hER~_
我可以找到的相關文獻在這 }%|!
http://web.thu.edu.tw/g942505/www/Population%20density%20drives%20the%20local%20evolution%20of%20a%20threshold%20dimorphism%20JLT%20&%20GSB%20Nature%202004.pdf%N'
台灣深山似乎也有類似allometry的現象/VU$k
族群密度比較高的地方大型雄蟲放到大顎的能量比較多1>@
族群密度地的地方似乎比較少s
而這樣的結果在目前的分析看來  似乎有遺傳的差異純在了%$
不過還是一句  我的sample size很小  他依舊可能是型態的可塑性I
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 %2%4
大顎的彎曲程度也是大家在分產地的重點Ll6"
但是我沒辦法和我的結果連想起來 相關資料也不多(大多是長度&重量)SkN,
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 3qO&^
以後還要多收集不同產地的台灣深山 &:
以及多去博物館量外部型態特徵|
(想要到交易版徵有確切產地的蟲，可是不敢 呵呵)/*@1
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 TcN
感謝很多送我標本的人DWw&Xl
裡面只有溪頭一隻是我自己抓的,`WPBm
其他的夢蟲無我老闆提供很多  >X?h]c
嘉義大學的同學去年送我兩隻阿里山的個體等等E[0
非常感謝zJd
外群是跟zozo買來的乾標本)tT,
(PS.只要是沒有發黴過或被蟲子吃過的乾標本，我都可以抽出DNA  得意中)x
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 x3{7
好了  在論壇潛水很久  好像做了一點事  哈哈WoO
希望畢業前這個alternative作的完  "或是有人接"(變向的招收學生)u&



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發表文章時間2006/10/08 03:25:55pm　IP: 已設定保密[本文共 4042 位元組]　 
 kefarm 




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  好文值得大力推3Vg
請問是否有鍬形蟲體型相關基因被cloned 或identified>'_^Y
mt CO1 和體型的相關性???/量的關係存在嗎???]q(]



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發表文章時間2006/10/16 10:41:36am　IP: 已設定保密[本文共 141 位元組]　 
 thegame0930 

 

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  鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identified{"S
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧L"
是一段較不會變異的DNA/bNz
常常用來鑑定種源關係-
跟體型沒啥關係(有錯請指正)( K8t$
樓主真是厲害...學以致用EVxo



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發表文章時間2006/10/16 10:04:43pm　IP: 已設定保密[本文共 216 位元組]　 
 kefarm 




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下面引用由thegame0930在 2006/10/16 10:04pm 發表的內容：9ewf
鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identifiedM=,n|Q
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧_%
是一段較不會變異的DNAu\\ok
常常用來鑑定種源關係Y0dX*$
...©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 p& &

Mb
粒線體DNA和應該體形基因無關6A
我只是想說拿鍬形虫當材料)MbA
比果蠅辛苦多多SNnN.
也許昆蟲體形基因在果蠅研究已被証實,c
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 A+GmH
好久沒在這領域j.s'`a
生疏了yu}3jY
若有不當s
請多擔待LN"
謝謝!!cd*



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發表文章時間2006/10/17 08:09:49am　IP: 已設定保密[本文共 437 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  粒線體DNA與體型應該是沒有關係的9_N7
畢竟它不是核DNAq
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 KqBbc}
它在細胞裡面是用來產生能量d}
基本上會選這一段來做是因為它比較好做2$?w!'
而且  (雖然我還沒跑過檢測)  它應該比較中性f
用來做親源地理的分析比較方便;+UGj
等資料完整之後可以回推分枝點的時間XRnjQ
方便與一些地質事件做結合討論y^EAq@
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 1
所以討論親源關係大多會選擇做這些homology的tree-m
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 6%)Fuy
當然也可以選做homoplasy的tree fW9w
選發育大顎的gene5}
這樣會比較類似討論大顎工能的演化}"j=nk
親源比較遠的系群可能會因為有類似的選擇壓力ue{
使得它們這一段gene相似度較高?
以上要做也是可以的P&o^F
只是比較難Z_w
(個人覺的核DNA要比粒線體DNA要難PCR  而且primer序列應該只有果蠅的)6
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ==
至於鍬形蟲體型相關的gene  現在應該還沒有identify出來>/I
這個要做其實也不難  只要有錢_[
先做完library  再用micro array看長大顎的時後表現那一些gene就行@k3HU&
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 7Jp_Z
但知道了是那一個gene之後  其實也沒什麼用6@
很多人想的到over expression就會比較大隻vFa
或是做knock in "beetle"?~33dc
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ^"OePv
我只能說老鼠都以經被人類做很久了MH0i
knock out的買來還是貴的要死yD*_
這部份現在要發展在甲蟲  不會有人想支持及花錢的!,Gwnd
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 +'S%Y>
不知道有沒有離題 `



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發表文章時間2006/10/17 10:38:18pm　IP: 已設定保密[本文共 1082 位元組]　 
 formosanus 
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  對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒XfTd^
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 n
相信要做這些出來 您應該花了不少心力8w$'
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Ez0
成果也是有目共睹的勒4M
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 St
自己雖然不是做系統發生的  3ZqD*v
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 FG
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的[u-g
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 =b}D
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒$ [
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 "?>Z
1.總共跑了幾棵樹阿?]l
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 4UV Jp
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群ym?Y+t
 D6>
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?Vz
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 XpAr
3.對於利用大顎彎曲程度來區分地區型 是不是屬於一個synapomorphiccd
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 p;
門外漢的我想說  如果利用收集更多該地區的樣品qPGzHm
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 x~U6y
以morphometric方式  將各種特徵做Parsimony analysis後IJ
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Yxn
再與CO1 tree進行交叉分析 是不是就可以得到結果阿?Ywr@d
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ;;n5
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 9



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發表文章時間2006/10/19 08:44:00pm　IP: 已設定保密[本文共 603 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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下面引用由formosanus在 2006/10/19 08:44pm 發表的內容：2Y-'
對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒4EyX
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 k_aU.f
相信要做這些出來 您應該花了不少心力ti/C40
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 9/m
成果也是有目共睹的勒?
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 3?|
自己雖然不是做系統發生的  Heff
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 3)#
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的$Yz+XS
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 n
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒hcgo
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1.總共跑了幾棵樹阿?&~
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 s
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群9UP
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?.'gG
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 L/!92O
3.對於利用大顎彎曲{77o

qW
Maximum parsimony tree共有24條6z
我放的這一棵tree是這24條的consensus treesB
那  我沒有放distance的tree(像NJ之類的)[4
Baysian跟Maximun likelihood也許等data多一點再一起做`Q
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 e^9
中部的族群的確很有趣v
不過還必需要累積更多一點來自中部不同地方的個體G#?S @
這題目是當然很好玩  值得做下去的*8~]}&
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 pjs;
至於型態  對我來說最大的問題[z,~y
應該是如何去加權(coding是這樣翻譯吧)$ B{
這方面我比較不熟  不過這是可以拿來分析L#%+o@
而且會讓結果更完整的方法m^
總之  一切都還在摸索  謝謝你的建議GA_!Je
我也希望可以試試看}o"fx



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發表文章時間2006/10/21 10:51:29pm　IP: 已設定保密[本文共 996 位元組]　 
 chengtw 
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  就學術的角度來看是相當不錯%
所得到的結果可否能有實務上的應用4|
不是說學術領域的探討不重要%
畢竟現在的社會就是這樣Z1
研究結果能夠有效的應用|X'w
政府才有可能投入更多的經費z@K
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 zlHSp
以前唸書的時候V<
希望可以把鰻魚的抗凍基因應用在香魚身上7F
但是要做的事情實在太多0s
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 3>
希望有更多的人投入這類的研究eCf<e



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發表文章時間2006/11/21 11:45:20am　IP: 已設定保密[本文共 318 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  務實的應用可能比較難，因為我當時想的都是對氣候變遷，gs>'K
或是環境及地理變化對對生物遺傳結構的影響。不過您說的!a
也是很重要的一環，這也是我們對害蟲防治會投入比較多的 U
資金和注意，他和我們生活息息相關。p/)"~L
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 tY
而我這一方向的研究，其實也很有應用的價值，可以重過去cl}+d
的氣候變化，還有現金的遺傳結構來看氣候環境變遷對物種KC#
的影響。另一方面，演化學的理論和研究也應用很多在流行)eGBEm
病學。所以雖然和生活及經濟活動沒有直接的關係，但其實~|j>[
此研究對整個社會的影響還是有的。}]hWD
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 `W {^
隔了四年才發現有問題沒有回覆，真是抱歉！VT27



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發表文章時間2010/12/20 02:45:59am　IP: 已設定保密[本文共 528 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2010/12/19 06:11pm 第 2 次編輯]T,nB1+
這一個研究今年終於刊登出來了！(Ppc
一直都因為研究裡面有的個體太少，所以寫討論和結果比較難。T(r
不過至少結果是很好玩的，所以期刊相信有興趣的人還是很多。c;o
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 pW
題目是：vd.
Diversification in subtropical mountains: phylogeography, Pleistocene demographic expansion, and evolution of polyphenic mandibles in Taiwanese stag beetle, Lucanus formosanus.?nd@,W
刊登在： Molecular Phylogenetics and Evolution, 57, 1149-1161z*\ }
連結在：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20971199_ss
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 C
內容主要有（一）更新世後期的氣候變化，可能與台灣深山有一個粒線體支系當時族群量大量擴張有關係（全台廣布的支系），而另外一個分布比較侷限的支系（阿里山支系）就沒有這一個現象。E#{l44
（二）另外就是主要山脈的族群之間有很顯著的過去基因交流，這個基因交流很少可以越過中央山脈，但是可以繞著中央山脈使各個族群之間的遺傳結構連接在一起。1v
（三）各個山脈之間有顯著的”型態分化”，其中又以東部和中央山脈西部的族群可以看大顎的型態就區分開來。這些應該大家之前都知道了，但是這一篇文章有數據。kY*e
（四）最後一部分就是族群間型態的差異和分子差異是”沒有”相關性的，型態和分子的差異都是地理分隔距離造成的結果，住的越近的人長得越像彼此之間的親緣關係也比較接近，但是親源關係不會決定台灣深山長的樣子。%'\



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發表文章時間2010/12/20 03:00:07am　IP: 已設定保密[本文共 1257 位元組]　 

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快速回覆主題: [討論]台灣深山鍬形蟲
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