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昆蟲論壇 → 《台灣昆蟲紀錄區》 → 《鞘翅目》 [返回] → 瀏覽：[討論]台灣深山鍬形蟲　 標記論壇所有內容為已讀取 

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 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2011/01/05 06:06pm 第 2 次編輯]p;l
這一篇文章po在這其實是我不知道要po在哪比較好 在台灣鍬形蟲的圖鑑裡面 S#%o4
遇到有台灣深山的時候  通常都會說：/w1sLy
台灣深山有分成北部型、中部型以及南部型三種r&%Ci
最近在論壇上面看到  有人也覺得有東部型R\|
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 0
所以難免會讓人想知道ju-i
它們這樣的變化是一定的嗎(這個需要量很多標本)}c{$.>
或是  這些型態上又差別的族群是不是也已經在遺傳上有差異sT&
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 d
很多的書都寫著  這樣的關係值得深入去探討|.3d
但是目前為止還沒找到相關的paper有對台灣深山的討論g
因此  最近收到一些標本的我  就先把手頭上有的個體分析S<
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ,edh
我所用的方法  是以分子層次的變化來比較各族群之間的關係X"=
用這個方法得到資料比較快  而且我也比較熟悉JABpy
(用養的要花很久的時間、很多的空間，對我來說比較困難)G28_
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 LEL]
以下是我有的個體分佈圖lzyTF
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 QhTv?z
此主題相關圖片如下：XzZ"
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@C/q+^
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 mK
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 R
(圖片是用許老師2000年paper中的台灣圖修改)SX3T$8
最北邊紅色的部分為北縣三峽以及烏來Z
下方紅色為北橫巴嶺及拉拉山n9
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 !Y;LV]
中部藍色為溪頭及杉林溪wC?C
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 *VC<8Q
南部綠色為阿里山  及東部的利佳林道和南橫栗園wE
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 vq
東部灰色是瑞穗林道[6W;F`
(論壇如果不能公布地點，請告訴我，我會把這一段d掉)pq*
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 0@d(b
一樣的顏色是之前我比較常看到大家所說的各個型分佈位置0pwO
有一點與現今台灣政治顏色相同  所以這樣標x
如果看了不舒服  非常抱歉XI
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 a%J
一開始我所選擇的Gene Region有mt CO1 region及mt16SrDNA:bs{
(NCBI上面這兩段基因序列使用分享最多)$vRl}
後來知道現在bar coding是用CO1  所以我就用CO1來分析B[XP]+
CO1在粒線體的位置如下:Iw4@Z5
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 KME+
此主題相關圖片如下：)2q
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I
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 2Wn
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 fD8
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ZgN
我所使用的primer pair是simon(1994)的insect universal primers<x1]g
Foreward : C1-J-1751 及 Reverse: TL-N-3014YmKe
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 U
此主題相關圖片如下：UEcb1
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1c5;BF
按此查看圖片詳細資料d
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 #4~Hm
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 |3Zb
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 dbc6A
PCR之後 切膠純化  然後作TA cloning.W+
總共的長度是1302個basepairs(u
(因為是universal primer pair，他不是很專一，直接定序不好看。而且}\h
1302個basepairs必須要再設計一組internal primers9"}
才能得到完整漂亮的序列，乾脆用clone比較方便 )pA
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 qBb5
選了Lucanus hermani及Lucanus laetus當外群|COM;
(期中Lucanus hermani與台灣深山長的很像  也許是姊妹群)**X
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 B.R.`
用clustalV 作對齊(alignment是這樣翻嗎)"nL
然後用Mega跑Parsimony analysisI^
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 $m
以下的圖是24個most parsimony tree的consensus tree_\V18
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 x+lI4
此主題相關圖片如下：lmCuL
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)au#`"
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 o}N*
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 wp'T
(TPss北縣三峽、TPwl北縣烏來、TYbl北橫巴領、TYlls北橫拉拉山x.3J-
NTst南投溪頭、NTsls南投杉林溪、CYala嘉義阿里山、TDlc台東利佳林道iV5X)k
TDly南橫栗園、HLjs花蓮瑞穗林道)uu7
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 '+&WQ
從CO1的結果來看  台灣深山的各族群遺傳結構3z
已經在地理上有很明顯的分化(structured populations)O7$.vh
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 xpg
大概分成中北部、中南部及東部三群ys
其中看的出來方向性  嘉義阿里山最先進來台灣1!a-
然後分成東部的族群  以及中北部的族群u
中部南投山區也許是北部及南部族群的重疊地帶o#As7
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ~Op
此主題相關圖片如下：9Q3k
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{42M=*
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 vUU:
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 "pG3p
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ||
以上大概就是初步的結果?RS}$k
畢竟我每個地方的個體不多  而且點也很少NY
所以你也可以不相信我的結果ih+w
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 SCo
無論如何Xyi
這是一個值得繼續作下去的題目P)
至於各個地方的大顎為什麼會變化的那麼大>g;``
我可以找到的相關文獻在這/!z
http://web.thu.edu.tw/g942505/www/Population%20density%20drives%20the%20local%20evolution%20of%20a%20threshold%20dimorphism%20JLT%20&%20GSB%20Nature%202004.pdfm
台灣深山似乎也有類似allometry的現象)]G
族群密度比較高的地方大型雄蟲放到大顎的能量比較多$
族群密度地的地方似乎比較少fT%1C
而這樣的結果在目前的分析看來  似乎有遺傳的差異純在了s]?o
不過還是一句  我的sample size很小  他依舊可能是型態的可塑性>/#9d
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 &`1!8
大顎的彎曲程度也是大家在分產地的重點r^[E
但是我沒辦法和我的結果連想起來 相關資料也不多(大多是長度&重量)SK
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 $
以後還要多收集不同產地的台灣深山Ti
以及多去博物館量外部型態特徵*
(想要到交易版徵有確切產地的蟲，可是不敢 呵呵)}rn`r
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 n7J
感謝很多送我標本的人Gz@D
裡面只有溪頭一隻是我自己抓的*
其他的夢蟲無我老闆提供很多  X<~=
嘉義大學的同學去年送我兩隻阿里山的個體等等x<
非常感謝1U>e4~
外群是跟zozo買來的乾標本]4+ic
(PS.只要是沒有發黴過或被蟲子吃過的乾標本，我都可以抽出DNA  得意中)'ZP
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 :?^
好了  在論壇潛水很久  好像做了一點事  哈哈UFI=%!
希望畢業前這個alternative作的完  "或是有人接"(變向的招收學生)aPRHO



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發表文章時間2006/10/08 03:25:55pm　IP: 已設定保密[本文共 4042 位元組]　 
 kefarm 




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  好文值得大力推S`'&zS
請問是否有鍬形蟲體型相關基因被cloned 或identifiedo
mt CO1 和體型的相關性???/量的關係存在嗎???;



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發表文章時間2006/10/16 10:41:36am　IP: 已設定保密[本文共 141 位元組]　 
 thegame0930 

 

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  鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identifiedxO2;nb
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧.
是一段較不會變異的DNA&{g=mv
常常用來鑑定種源關係)
跟體型沒啥關係(有錯請指正)o[v&
樓主真是厲害...學以致用r



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發表文章時間2006/10/16 10:04:43pm　IP: 已設定保密[本文共 216 位元組]　 
 kefarm 




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下面引用由thegame0930在 2006/10/16 10:04pm 發表的內容：Hj$
鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identifiedG
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧-[lqM
是一段較不會變異的DNAF6#P8
常常用來鑑定種源關係ABJ>2
...©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 h

0'ENZ
粒線體DNA和應該體形基因無關5\w#
我只是想說拿鍬形虫當材料Aie
比果蠅辛苦多多CD
也許昆蟲體形基因在果蠅研究已被証實T
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 wvr
好久沒在這領域+Q>k
生疏了{nue@i
若有不當&
請多擔待.zt?
謝謝!!lLYch?



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發表文章時間2006/10/17 08:09:49am　IP: 已設定保密[本文共 437 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  粒線體DNA與體型應該是沒有關係的/
畢竟它不是核DNAFE#WV`
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 tS|$
它在細胞裡面是用來產生能量a.o `
基本上會選這一段來做是因為它比較好做2d!{
而且  (雖然我還沒跑過檢測)  它應該比較中性}
用來做親源地理的分析比較方便fd
等資料完整之後可以回推分枝點的時間n
方便與一些地質事件做結合討論jh
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 s}QMw5
所以討論親源關係大多會選擇做這些homology的tree);
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 aDt
當然也可以選做homoplasy的tree}
選發育大顎的gene-X
這樣會比較類似討論大顎工能的演化g"
親源比較遠的系群可能會因為有類似的選擇壓力o'PrI<
使得它們這一段gene相似度較高Fpx1
以上要做也是可以的-dh#mY
只是比較難}m
(個人覺的核DNA要比粒線體DNA要難PCR  而且primer序列應該只有果蠅的)v
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Sl6
至於鍬形蟲體型相關的gene  現在應該還沒有identify出來p
這個要做其實也不難  只要有錢B;]7e>
先做完library  再用micro array看長大顎的時後表現那一些gene就行vlf
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 /9
但知道了是那一個gene之後  其實也沒什麼用S K?(6
很多人想的到over expression就會比較大隻704j
或是做knock in "beetle"Z
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ,N8N[k
我只能說老鼠都以經被人類做很久了JbI9
knock out的買來還是貴的要死&
這部份現在要發展在甲蟲  不會有人想支持及花錢的Vr#a.U
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Q'fAl
不知道有沒有離題 _; 4)=



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發表文章時間2006/10/17 10:38:18pm　IP: 已設定保密[本文共 1082 位元組]　 
 formosanus 
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  對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒L/%
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 tS"@.[
相信要做這些出來 您應該花了不少心力N},-d
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 m(
成果也是有目共睹的勒9ra~
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 .MiB^&
自己雖然不是做系統發生的  =Q
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ZR&r
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的VMDh
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 m
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒r<
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 U
1.總共跑了幾棵樹阿?Q@abFP
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 _PDb
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群Or)?
 B'
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?h
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 E_
3.對於利用大顎彎曲程度來區分地區型 是不是屬於一個synapomorphicv<
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 oa|
門外漢的我想說  如果利用收集更多該地區的樣品k
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 #@,FtP
以morphometric方式  將各種特徵做Parsimony analysis後u|
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Bz&
再與CO1 tree進行交叉分析 是不是就可以得到結果阿?v `
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 U1S
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 jpGU#



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發表文章時間2006/10/19 08:44:00pm　IP: 已設定保密[本文共 603 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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下面引用由formosanus在 2006/10/19 08:44pm 發表的內容：d.F
對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒C;Gf
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 .$eHe
相信要做這些出來 您應該花了不少心力38-$
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 8
成果也是有目共睹的勒_
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 #
自己雖然不是做系統發生的  {,UK|
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 |
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的0np
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 'Qw
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒B0h[#o
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 [lRcM
1.總共跑了幾棵樹阿?X?2J
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 }`R7M%
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群e
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?C
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 yw^
3.對於利用大顎彎曲4

t
Maximum parsimony tree共有24條Xn7
我放的這一棵tree是這24條的consensus treev(yd
那  我沒有放distance的tree(像NJ之類的),7"E
Baysian跟Maximun likelihood也許等data多一點再一起做v$
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 H7g
中部的族群的確很有趣<
不過還必需要累積更多一點來自中部不同地方的個體o4
這題目是當然很好玩  值得做下去的nqw
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 K`Z2
至於型態  對我來說最大的問題5_@S
應該是如何去加權(coding是這樣翻譯吧).&QZtz
這方面我比較不熟  不過這是可以拿來分析{H$A!z
而且會讓結果更完整的方法"Upt]Q
總之  一切都還在摸索  謝謝你的建議*J
我也希望可以試試看K



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發表文章時間2006/10/21 10:51:29pm　IP: 已設定保密[本文共 996 位元組]　 
 chengtw 
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  就學術的角度來看是相當不錯Q8_(
所得到的結果可否能有實務上的應用-n>&[
不是說學術領域的探討不重要goEg#
畢竟現在的社會就是這樣}z4
研究結果能夠有效的應用%2FKb
政府才有可能投入更多的經費d,>
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 "t1gu^
以前唸書的時候$)<oU;
希望可以把鰻魚的抗凍基因應用在香魚身上~X1$Wg
但是要做的事情實在太多E>9
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 EsA:
希望有更多的人投入這類的研究=W>=?



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發表文章時間2006/11/21 11:45:20am　IP: 已設定保密[本文共 318 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  務實的應用可能比較難，因為我當時想的都是對氣候變遷，*
或是環境及地理變化對對生物遺傳結構的影響。不過您說的Lv<
也是很重要的一環，這也是我們對害蟲防治會投入比較多的C|EUeM
資金和注意，他和我們生活息息相關。!C
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 qy
而我這一方向的研究，其實也很有應用的價值，可以重過去8A
的氣候變化，還有現金的遺傳結構來看氣候環境變遷對物種Yf=0t
的影響。另一方面，演化學的理論和研究也應用很多在流行h"P
病學。所以雖然和生活及經濟活動沒有直接的關係，但其實%G%
此研究對整個社會的影響還是有的。D
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 0
隔了四年才發現有問題沒有回覆，真是抱歉！D



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發表文章時間2010/12/20 02:45:59am　IP: 已設定保密[本文共 528 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2010/12/19 06:11pm 第 2 次編輯]7r"
這一個研究今年終於刊登出來了！.z
一直都因為研究裡面有的個體太少，所以寫討論和結果比較難。\U
不過至少結果是很好玩的，所以期刊相信有興趣的人還是很多。')nw-
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 RSUw
題目是：'7'
Diversification in subtropical mountains: phylogeography, Pleistocene demographic expansion, and evolution of polyphenic mandibles in Taiwanese stag beetle, Lucanus formosanus.SxKlT
刊登在： Molecular Phylogenetics and Evolution, 57, 1149-1161=ltbv
連結在：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20971199T?ka@
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 |
內容主要有（一）更新世後期的氣候變化，可能與台灣深山有一個粒線體支系當時族群量大量擴張有關係（全台廣布的支系），而另外一個分布比較侷限的支系（阿里山支系）就沒有這一個現象。Rnd/4
（二）另外就是主要山脈的族群之間有很顯著的過去基因交流，這個基因交流很少可以越過中央山脈，但是可以繞著中央山脈使各個族群之間的遺傳結構連接在一起。c$
（三）各個山脈之間有顯著的”型態分化”，其中又以東部和中央山脈西部的族群可以看大顎的型態就區分開來。這些應該大家之前都知道了，但是這一篇文章有數據。ak
（四）最後一部分就是族群間型態的差異和分子差異是”沒有”相關性的，型態和分子的差異都是地理分隔距離造成的結果，住的越近的人長得越像彼此之間的親緣關係也比較接近，但是親源關係不會決定台灣深山長的樣子。o0



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發表文章時間2010/12/20 03:00:07am　IP: 已設定保密[本文共 1257 位元組]　 

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快速回覆主題: [討論]台灣深山鍬形蟲
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