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昆蟲論壇 → 《台灣昆蟲紀錄區》 → 《鞘翅目》 [返回] → 瀏覽：[討論]台灣深山鍬形蟲　 標記論壇所有內容為已讀取 

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 * 文章主題： [討論]台灣深山鍬形蟲 本文章有問題，傳送短訊息報告給版主  加到我的最愛&關注本文章  顯示可列印的版本  把本文章打包郵寄  把本文章加到我的最愛  傳送本頁面給朋友   
 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2011/01/05 06:06pm 第 2 次編輯]R!
這一篇文章po在這其實是我不知道要po在哪比較好 在台灣鍬形蟲的圖鑑裡面{
遇到有台灣深山的時候  通常都會說：0O
台灣深山有分成北部型、中部型以及南部型三種{
最近在論壇上面看到  有人也覺得有東部型X+
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 .}[0}b
所以難免會讓人想知道}l
它們這樣的變化是一定的嗎(這個需要量很多標本);U?<`
或是  這些型態上又差別的族群是不是也已經在遺傳上有差異iw{p`.
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 RjL.h
很多的書都寫著  這樣的關係值得深入去探討B.eql0
但是目前為止還沒找到相關的paper有對台灣深山的討論KM.
因此  最近收到一些標本的我  就先把手頭上有的個體分析)Hn9
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 6P+ZT}
我所用的方法  是以分子層次的變化來比較各族群之間的關係GS
用這個方法得到資料比較快  而且我也比較熟悉flz
(用養的要花很久的時間、很多的空間，對我來說比較困難)c}\
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 w@dC;
以下是我有的個體分佈圖)}@Gk
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iZ E;?
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 BCRH2
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(圖片是用許老師2000年paper中的台灣圖修改):fT
最北邊紅色的部分為北縣三峽以及烏來]_~\X
下方紅色為北橫巴嶺及拉拉山pqW
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 sdt^7`
中部藍色為溪頭及杉林溪[D$u
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 "Yx@!1
南部綠色為阿里山  及東部的利佳林道和南橫栗園Y.*{@
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ^mvOpT
東部灰色是瑞穗林道J(xDnh
(論壇如果不能公布地點，請告訴我，我會把這一段d掉)`c)8D
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 v)tM
一樣的顏色是之前我比較常看到大家所說的各個型分佈位置w[\S
有一點與現今台灣政治顏色相同  所以這樣標D
如果看了不舒服  非常抱歉ZZgBQ$
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一開始我所選擇的Gene Region有mt CO1 region及mt16SrDNAV
(NCBI上面這兩段基因序列使用分享最多)f5(aMl
後來知道現在bar coding是用CO1  所以我就用CO1來分析/
CO1在粒線體的位置如下:7}37
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 4]
此主題相關圖片如下：+bP18
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D}HciF
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我所使用的primer pair是simon(1994)的insect universal primerswR
Foreward : C1-J-1751 及 Reverse: TL-N-30148i
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此主題相關圖片如下：aBqsW}
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im
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PCR之後 切膠純化  然後作TA cloning.q_?
總共的長度是1302個basepairsr!Cfw
(因為是universal primer pair，他不是很專一，直接定序不好看。而且CN
1302個basepairs必須要再設計一組internal primersa?
才能得到完整漂亮的序列，乾脆用clone比較方便 )S
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 fv
選了Lucanus hermani及Lucanus laetus當外群i;3+R!
(期中Lucanus hermani與台灣深山長的很像  也許是姊妹群)0/<B.O
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 /.[ns
用clustalV 作對齊(alignment是這樣翻嗎)a
然後用Mega跑Parsimony analysist]K
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 fVu
以下的圖是24個most parsimony tree的consensus treeC
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ~$PnY
此主題相關圖片如下：A-4M
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|~
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(TPss北縣三峽、TPwl北縣烏來、TYbl北橫巴領、TYlls北橫拉拉山py h
NTst南投溪頭、NTsls南投杉林溪、CYala嘉義阿里山、TDlc台東利佳林道K_n
TDly南橫栗園、HLjs花蓮瑞穗林道)a:B
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 q'!
從CO1的結果來看  台灣深山的各族群遺傳結構WM
已經在地理上有很明顯的分化(structured populations)bo:vCm
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 .r
大概分成中北部、中南部及東部三群C
其中看的出來方向性  嘉義阿里山最先進來台灣L*`
然後分成東部的族群  以及中北部的族群e
中部南投山區也許是北部及南部族群的重疊地帶_c'I
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 cq
此主題相關圖片如下：#7o)5@
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mk,&W
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 {fh:
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 |d
以上大概就是初步的結果YK
畢竟我每個地方的個體不多  而且點也很少-oW]'
所以你也可以不相信我的結果Br
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 EO`|r
無論如何6p~].8
這是一個值得繼續作下去的題目3
至於各個地方的大顎為什麼會變化的那麼大;
我可以找到的相關文獻在這,-"
http://web.thu.edu.tw/g942505/www/Population%20density%20drives%20the%20local%20evolution%20of%20a%20threshold%20dimorphism%20JLT%20&%20GSB%20Nature%202004.pdf:+2q4
台灣深山似乎也有類似allometry的現象rk8
族群密度比較高的地方大型雄蟲放到大顎的能量比較多,jGD>
族群密度地的地方似乎比較少.[
而這樣的結果在目前的分析看來  似乎有遺傳的差異純在了H
不過還是一句  我的sample size很小  他依舊可能是型態的可塑性i
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 tq7$
大顎的彎曲程度也是大家在分產地的重點e>
但是我沒辦法和我的結果連想起來 相關資料也不多(大多是長度&重量)K&w
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 uV,#F[
以後還要多收集不同產地的台灣深山D}QW
以及多去博物館量外部型態特徵&j
(想要到交易版徵有確切產地的蟲，可是不敢 呵呵):
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 @Vd
感謝很多送我標本的人:.YH-
裡面只有溪頭一隻是我自己抓的F%f,~E
其他的夢蟲無我老闆提供很多  0
嘉義大學的同學去年送我兩隻阿里山的個體等等~ Iu&R
非常感謝_WQ+
外群是跟zozo買來的乾標本C
(PS.只要是沒有發黴過或被蟲子吃過的乾標本，我都可以抽出DNA  得意中)l7
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 \xk
好了  在論壇潛水很久  好像做了一點事  哈哈b
希望畢業前這個alternative作的完  "或是有人接"(變向的招收學生)d<cv#



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發表文章時間2006/10/08 03:25:55pm　IP: 已設定保密[本文共 4042 位元組]　 
 kefarm 




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  好文值得大力推"%`lk
請問是否有鍬形蟲體型相關基因被cloned 或identified)
mt CO1 和體型的相關性???/量的關係存在嗎???oUjyl



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發表文章時間2006/10/16 10:41:36am　IP: 已設定保密[本文共 141 位元組]　 
 thegame0930 

 

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  鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identifiedw:b019
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧b
是一段較不會變異的DNAngs
常常用來鑑定種源關係-
跟體型沒啥關係(有錯請指正)+B
樓主真是厲害...學以致用~L#o



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發表文章時間2006/10/16 10:04:43pm　IP: 已設定保密[本文共 216 位元組]　 
 kefarm 




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下面引用由thegame0930在 2006/10/16 10:04pm 發表的內容：fg
鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identifiediC3gU
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧%ol>gT
是一段較不會變異的DNAH
常常用來鑑定種源關係#}])B
...©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 >u

aQ{9
粒線體DNA和應該體形基因無關_1
我只是想說拿鍬形虫當材料s|J[G^
比果蠅辛苦多多~
也許昆蟲體形基因在果蠅研究已被証實>gjm\.
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 }PLQ4r
好久沒在這領域0C
生疏了Kq1W]
若有不當C`1{%=
請多擔待Avmq
謝謝!!H=H



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發表文章時間2006/10/17 08:09:49am　IP: 已設定保密[本文共 437 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  粒線體DNA與體型應該是沒有關係的))+R`
畢竟它不是核DNA|i
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 MJo
它在細胞裡面是用來產生能量ff(
基本上會選這一段來做是因為它比較好做1s0cxJ
而且  (雖然我還沒跑過檢測)  它應該比較中性8&
用來做親源地理的分析比較方便j
等資料完整之後可以回推分枝點的時間JDT
方便與一些地質事件做結合討論GI XI~
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 R
所以討論親源關係大多會選擇做這些homology的tree.wECw
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ,_/iNx
當然也可以選做homoplasy的tree
選發育大顎的gene\2!
這樣會比較類似討論大顎工能的演化q#n6Bc
親源比較遠的系群可能會因為有類似的選擇壓力\M2T
使得它們這一段gene相似度較高S
以上要做也是可以的vGbk
只是比較難N
(個人覺的核DNA要比粒線體DNA要難PCR  而且primer序列應該只有果蠅的)Jb
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 W
至於鍬形蟲體型相關的gene  現在應該還沒有identify出來QG8I#
這個要做其實也不難  只要有錢"88
先做完library  再用micro array看長大顎的時後表現那一些gene就行{"tHc
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 B{wR
但知道了是那一個gene之後  其實也沒什麼用?*Lg
很多人想的到over expression就會比較大隻`
或是做knock in "beetle"C[
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 |8L
我只能說老鼠都以經被人類做很久了*T
knock out的買來還是貴的要死? }X
這部份現在要發展在甲蟲  不會有人想支持及花錢的,Gb5t
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 F+#i
不知道有沒有離題 &XV5.



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發表文章時間2006/10/17 10:38:18pm　IP: 已設定保密[本文共 1082 位元組]　 
 formosanus 
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  對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒*)#g
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 (fLd
相信要做這些出來 您應該花了不少心力1?KU
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ky
成果也是有目共睹的勒5#
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 @Dp\
自己雖然不是做系統發生的  3Yo
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 N
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的2iG
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 :iRT
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒v_
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 $Dn*$W
1.總共跑了幾棵樹阿?v+
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 uN2Q!
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群LtU?
 4o
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?Y
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Y5A;!/
3.對於利用大顎彎曲程度來區分地區型 是不是屬於一個synapomorphicWW6~5
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 .z_
門外漢的我想說  如果利用收集更多該地區的樣品`
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 !
以morphometric方式  將各種特徵做Parsimony analysis後*pWi$
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 CLKOC
再與CO1 tree進行交叉分析 是不是就可以得到結果阿?4./
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 [L|>
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 jk



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發表文章時間2006/10/19 08:44:00pm　IP: 已設定保密[本文共 603 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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下面引用由formosanus在 2006/10/19 08:44pm 發表的內容：$ElMx=
對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒*
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Xa%
相信要做這些出來 您應該花了不少心力m.58
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Ic
成果也是有目共睹的勒yxN
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 %
自己雖然不是做系統發生的  i3_aB
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 h\ff
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的UqQaV
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 "whPVI
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒8po
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Gq<L
1.總共跑了幾棵樹阿?V
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 R6a1
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群I
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?] FT`
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 M":N0
3.對於利用大顎彎曲2

K\C
Maximum parsimony tree共有24條=#^
我放的這一棵tree是這24條的consensus treexc
那  我沒有放distance的tree(像NJ之類的)?~N8
Baysian跟Maximun likelihood也許等data多一點再一起做#~
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 >>f9
中部的族群的確很有趣an"
不過還必需要累積更多一點來自中部不同地方的個體A;
這題目是當然很好玩  值得做下去的CbtI?
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ]O
至於型態  對我來說最大的問題iZ%
應該是如何去加權(coding是這樣翻譯吧)ef~(H
這方面我比較不熟  不過這是可以拿來分析N
而且會讓結果更完整的方法a
總之  一切都還在摸索  謝謝你的建議v
我也希望可以試試看M



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發表文章時間2006/10/21 10:51:29pm　IP: 已設定保密[本文共 996 位元組]　 
 chengtw 
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  就學術的角度來看是相當不錯etRee
所得到的結果可否能有實務上的應用m\)}!
不是說學術領域的探討不重要X
畢竟現在的社會就是這樣)}
研究結果能夠有效的應用u_;
政府才有可能投入更多的經費oqqW
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 TjjJ+i
以前唸書的時候WN0ki
希望可以把鰻魚的抗凍基因應用在香魚身上?
但是要做的事情實在太多Y#%=Re
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 hR~
希望有更多的人投入這類的研究ardxP



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發表文章時間2006/11/21 11:45:20am　IP: 已設定保密[本文共 318 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  務實的應用可能比較難，因為我當時想的都是對氣候變遷，%AkLJZ
或是環境及地理變化對對生物遺傳結構的影響。不過您說的UMppN
也是很重要的一環，這也是我們對害蟲防治會投入比較多的i~d>
資金和注意，他和我們生活息息相關。 it_cR
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 2
而我這一方向的研究，其實也很有應用的價值，可以重過去u
的氣候變化，還有現金的遺傳結構來看氣候環境變遷對物種kMcgx
的影響。另一方面，演化學的理論和研究也應用很多在流行s
病學。所以雖然和生活及經濟活動沒有直接的關係，但其實ym'
此研究對整個社會的影響還是有的。m^
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 XnYH
隔了四年才發現有問題沒有回覆，真是抱歉！f)QRg



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發表文章時間2010/12/20 02:45:59am　IP: 已設定保密[本文共 528 位元組]　 
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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2010/12/19 06:11pm 第 2 次編輯]k
這一個研究今年終於刊登出來了！CLXrkS
一直都因為研究裡面有的個體太少，所以寫討論和結果比較難。\;,
不過至少結果是很好玩的，所以期刊相信有興趣的人還是很多。Wy]w
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 7<
題目是：tR
Diversification in subtropical mountains: phylogeography, Pleistocene demographic expansion, and evolution of polyphenic mandibles in Taiwanese stag beetle, Lucanus formosanus.0awJ
刊登在： Molecular Phylogenetics and Evolution, 57, 1149-1161F
連結在：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20971199aU#
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 w
內容主要有（一）更新世後期的氣候變化，可能與台灣深山有一個粒線體支系當時族群量大量擴張有關係（全台廣布的支系），而另外一個分布比較侷限的支系（阿里山支系）就沒有這一個現象。y-sR:
（二）另外就是主要山脈的族群之間有很顯著的過去基因交流，這個基因交流很少可以越過中央山脈，但是可以繞著中央山脈使各個族群之間的遺傳結構連接在一起。/Ia46t
（三）各個山脈之間有顯著的”型態分化”，其中又以東部和中央山脈西部的族群可以看大顎的型態就區分開來。這些應該大家之前都知道了，但是這一篇文章有數據。sW@##!
（四）最後一部分就是族群間型態的差異和分子差異是”沒有”相關性的，型態和分子的差異都是地理分隔距離造成的結果，住的越近的人長得越像彼此之間的親緣關係也比較接近，但是親源關係不會決定台灣深山長的樣子。}k9w



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發表文章時間2010/12/20 03:00:07am　IP: 已設定保密[本文共 1257 位元組]　 

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快速回覆主題: [討論]台灣深山鍬形蟲
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